La Estructura Hiperpoliédrica está ubicada también en el primer nivel del museo, la obra de Rafael Leoz es una realización práctica de uno de sus sistemas de división del espacio, emulando una muñeca rusa. La estructura está elaborada por acero inoxidable, formando un cubo, que comprende un poliedro de Lord Kelvin. Según Leoz se trata de una representación volumétrica, simbólica y compendiada, donde se estudia una determinada división y orientación espacial del cubo.